交通运输部门查获的超载车辆，会根据具体情况进行卸载、罚款、扣分、暂扣车辆或吊销营运证等处理。以下是对此问题的详细分析：
卸载超载货物：
- 根据相关规定，对于超载的车辆，交通运输部门会首先要求车主或驾驶人卸载超载的货物，以消除安全隐患，确保道路交通安全。
罚款处罚：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，货运机动车超过核定载质量的，处200元以上500元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处500元以上2000元以下罚款。这一规定明确了超载车辆将面临的罚款处罚。
驾驶证扣分：
- 驾驶人因超载被查获，还会面临驾驶证扣分的处罚。根据相关规定，超载的严重程度不同，扣分的分值也会有所差异，但通常都会有一定的扣分处罚。
暂扣车辆或吊销营运证：
- 对于严重超载或者多次超载的车辆，交通运输部门可能会采取暂扣车辆或者吊销营运证的措施。这将严重影响车主或驾驶人的运营活动，甚至可能导致其无法继续从事相关运输业务。
- 例如，一辆货车因超载被交通运输部门查获，车主不仅需要卸载超载的货物，还可能面临数百元至数千元不等的罚款，同时驾驶证也会被扣分。如果超载情况严重，车辆甚至可能被暂扣，或者营运证被吊销。
综上所述，交通运输部门查获的超载车辆会根据具体情况进行卸载、罚款、扣分、暂扣车辆或吊销营运证等处理。这些措施旨在维护道路交通安全，保障人民生命财产安全。我建议车主和驾驶人应严格遵守交通法规，避免超载行为的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。