行政复议机关在办理行政复议案件时，是可以进行调解的，但这一机制的应用必须严格遵守自愿、合法的原则，并确保不损害相关利益方的权益。
具体来说，根据《中华人民共和国行政复议法实施条例》的相关规定，行政复议机关在以下两种情形下可以进行调解：
对自由裁量权作出的具体行政行为不服：当公民、法人或其他组织对行政机关在法律、法规规定的幅度和范围内，依据具体情况和自己的判断作出的具体行政行为不服，并申请行政复议时，行政复议机关可以进行调解。例如，在行政处罚案件中，对于罚款数额的确定，行政机关享有一定的自由裁量权，若申请人对该罚款决定不满并提出复议，复议机关便可介入调解，以找到更贴近实际情况且兼顾各方利益的解决方案。
行政赔偿或行政补偿纠纷：当行政机关的行政行为给公民、法人或其他组织造成损害，涉及行政赔偿或补偿问题时，由于赔偿或补偿数额往往没有绝对固定的标准，行政复议机关可以居中调解，促使双方当事人就赔偿或补偿的方式、数额等达成一致意见。这既确保了公民、法人或其他组织的合法权益得到合理补偿或赔偿，又有助于行政争议的有效化解。
需要注意的是，调解并非行政复议的必经程序，而是基于双方当事人的自愿选择。如果当事人不愿意接受调解，或者调解过程中无法达成一致意见，行政复议机关应当及时作出行政复议决定。同时，整个调解过程必须严格遵循合法性原则，不得损害国家利益、社会公共利益以及他人的合法权益。
此外，调解达成协议后，行政复议机关应制作行政复议调解书，明确载明行政复议请求、事实、理由及调解结果，并加盖行政复议机关印章。该调解书经双方当事人签字后即具有法律效力。但若调解未达成协议，或调解书生效前一方反悔，行政复议机关则应及时作出行政复议决定，以确保行政争议的妥善解决。
综上所述，行政复议机关在特定情形下可以进行调解，以更灵活地解决行政争议，但这一机制的应用必须严格遵守相关法律规定和原则。