检察院不予起诉的案件，不会留有案底。

一. 案底与起诉的关系

• 案底，即犯罪记录，是当人民法院依据法律对被告进行审判，并判定其有罪时产生的记录。
• 若检察院决定不提起诉讼，则意味着涉事人员并未被法院判定有罪，因此不会产生案底记录。

二. 检察院不起诉的三种情况

• 法定不起诉：在检察院审查起诉过程中，如发现犯罪嫌疑人存在法定情形，如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等，应依法作出不起诉决定。
• 酌定不起诉：若犯罪情节轻微，无需判处刑罚或可免于刑罚，检察院有权作出不起诉决定。例如，嫌疑人又聋又哑或盲人犯罪，或者犯罪过程中自动中止等情形。
• 证据不足不起诉：若检察院经补充侦查后仍认定证据不足，亦可依法作出不起诉决定。

三. 法律依据

• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条明确规定了不追究刑事责任的情形，包括情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、犯罪已过追诉时效期限等。
• 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条也规定，犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者符合前述第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

综上所述，检察院不予起诉的案件，涉事人员并无相关案件底档之记载，即不会留有案底。如有进一步需要，您可以继续咨询我。