公司法人变更印鉴卡丢失后，应立即采取挂失并补办新卡的措施，同时加强账户安全管理和风险防范。以下是具体的处理步骤及法律建议：
一. 立即挂失印鉴卡
- 挂失方式：迅速通过拨打银行客服电话或亲自前往开户银行网点办理挂失手续，提供公司名称、账号等基本信息以核实身份。
- 所需材料：营业执照正本及复印件（加盖公司公章）、法定代表人身份证原件及复印件（加盖公司公章），若无法亲自办理，还需提供授权委托书及被授权人身份证件。
二. 准备并提交补办材料
- 基本材料：包括挂失所需材料、原预留印鉴章（如适用）、印鉴卡挂失补办申请表（详细填写并加盖公司公章及新的法定代表人章）。
- 其他可能需要的材料：遗失声明（在报纸上发布，并提供原件及复印件）、单位证明（说明丢失原因，并承担由此产生的一切经济责任）。
- 提交材料：携带上述所有材料前往开户银行网点提交，银行工作人员将审核材料的真实性、完整性和一致性。
三. 补办新的印鉴卡
- 审核通过后：银行会重新为公司办理印鉴卡，并记录新的预留印鉴信息。企业需在新的印鉴卡上加盖新的印鉴样本，并确保清晰准确。
- 缴纳费用：根据银行规定缴纳印鉴补办费用。
- 备案与登记：银行会对新预留的印鉴进行备案和登记。
四. 加强账户安全管理
- 挂失后应加强对账户交易记录的定期检查，及时发现并处理任何异常情况。
- 建议单位修订或完善印鉴卡的使用和保管制度，确保资金安全。
五. 法律责任与风险防范
- 法律依据：根据《中华人民共和国档案法》等相关法律规定，单位有义务妥善保管印鉴卡等重要资料。如因管理不善导致印鉴卡丢失，单位应承担相应的法律责任。
- 风险防范：单位应建立健全档案管理制度，加强员工培训，提高风险防范意识。
六. 特别注意事项
- 不同银行对于印鉴卡丢失补办的具体要求和流程可能存在差异，务必先与开户银行充分沟通明确。
- 在整个补办过程中，保持与银行工作人员的密切沟通，确保补办过程顺利进行。
综上所述，我建议公司在发现法人变更印鉴卡丢失后，应立即按照上述步骤进行处理，以确保资金安全和避免潜在的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。