协商后还完款还要等待90天的情况并不常见，这可能与特定的合同条款、银行或金融机构的内部流程有关。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同条款约定

1. 特定条款：在某些贷款或借款合同中，可能会存在特定的条款，规定在协商还款后，借款人需要等待一段时间（如90天）以确保款项的完全清偿和相关手续的完成。这是为了保护贷款方的权益，确保借款人不会立即再次违约。
2. 违约后果：如果合同中明确规定了这样的等待期，并且借款人在等待期内违反了合同的其他条款（如再次借款、未按时提供必要的文件等），贷款方可能会依据合同条款追究借款人的违约责任。

二. 银行或金融机构内部流程

1. 内部处理时间：银行或金融机构在收到还款后，可能需要进行一系列的内部处理，如核对账目、更新系统记录、确认款项到账等。这些流程可能需要一定的时间，尤其是在大型金融机构中，处理时间可能会更长。
2. 风险控制：此外，银行或金融机构还可能出于风险控制的目的，设置等待期以观察借款人的还款行为是否稳定，以及是否存在其他潜在的违约风险。

三. 其他可能原因

1. 法律或监管要求：在某些情况下，法律或监管机构可能要求金融机构在协商还款后设置一定的等待期，以确保交易的合法性和合规性。
2. 特殊情况处理：对于某些特殊的贷款或借款情况（如大额贷款、长期借款等），金融机构可能会根据具体情况设定更长的等待期。

我建议：如果您在协商还款后被告知需要等待90天，最好先查看借款合同中是否有相关条款约定，并咨询银行或金融机构的客服人员了解具体原因。如果认为等待期过长或不合理，可以尝试与银行或金融机构进行协商，看是否能缩短等待时间或寻求其他解决方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。