如欠款人已将房产证交给债权人，但债权人仍选择起诉，法院将依法进行审理，并根据提供的证据作出判决。具体分析如下：

一. 欠款与房产证的关系

1. 房产证作为抵押：若欠款人将房产证交给债权人作为债务的担保，但这并不等同于法律上的抵押权设立。根据《民法典》的相关规定，不动产的抵押需要办理抵押登记，未经登记，不发生物权效力。因此，仅交付房产证而不办理抵押登记，债权人并不享有优先受偿权。
2. 证据的考量：房产证在债权人手中的事实，可以作为双方存在债权债务关系的一个辅助证据，但并不能直接决定案件的胜负。法院将综合考虑双方提供的所有证据，包括借条、转账记录、聊天记录等，来判定债权债务关系的真实性及金额。

二. 法院的处理流程

1. 受理案件：债权人向法院提起诉讼后，法院将审查起诉材料，符合立案条件的，将受理案件。
2. 开庭审理：法院将安排开庭，通知双方到庭。在庭审中，双方将进行举证、质证，并就案件事实进行辩论。
3. 作出判决：法院将根据庭审情况，结合双方提供的证据，依法作出判决。若判定欠款人确实存在欠款事实，且金额明确，法院将支持债权人的诉讼请求，要求欠款人偿还欠款。

三. 可能的结果

1. 胜诉与履行：若债权人胜诉，欠款人需按照判决来履行还款义务。若未按时履行，债权人可以申请法院强制执行，包括但不限于查封、拍卖欠款人的财产等。
2. 败诉与上诉：若欠款人认为判决不公，可以在规定时间内提起上诉。上诉后，二审法院将重新审理案件，并作出终审判决。

我建议：欠款人应尽快与债权人协商，寻求和解或达成还款协议，以避免法律纠纷的进一步升级。同时，也可以考虑咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对策略。如有进一步需要，您可以继续咨询我。