独立董事的工资由公司发放。具体分析如下：

一. 独立董事是公司的员工，其工资由公司承担

• 独立董事虽然在公司中扮演特殊的监督角色，但他们同样是公司的员工，与公司存在劳动关系。
• 根据《中华人民共和国劳动法》第三条，劳动者享有取得劳动报酬的权利。独立董事作为劳动者，其工资是公司对其劳动付出的报酬。
• 因此，独立董事的工资应由公司按照相关法律法规和公司章程的规定进行发放。

二. 公司应确保独立董事的独立性，但不影响其工资发放

• 独立董事的独立性主要体现在其决策和监督过程中不受公司管理层和大股东的不当影响。
• 然而，这种独立性并不妨碍公司按照约定向独立董事支付工资。
• 公司应建立健全的薪酬制度，确保独立董事的工资发放合法、合规，并与其职责和贡献相匹配。

综上所述，独立董事的工资由公司发放，这是符合《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。