纪委仅凭双方笔录认定的男女发生关系，申诉后有可能变更。具体分析如下：

一. 纪委认定的事实并非最终结论

1. 初步认定：纪委在调查过程中，会根据双方笔录等证据材料，对事实进行初步认定。但这种认定并非最终结论，而是基于当前证据材料所作出的判断。
2. 申诉权利：被调查人或其他相关方对纪委的认定结果有异议时，有权提出申诉。申诉的提出，为事实的进一步查清和认定的变更提供了可能。

二. 申诉后可能变更的情况

1. 新证据的出现：在申诉过程中，如果提供了新的、有力的证据，这些证据可能改变原有的事实认定。例如，新的证人证言、物证或视听资料等，都可能对原认定产生颠覆性影响。
2. 证据审查的深入：纪委在申诉阶段可能会更加深入地审查原有证据，包括双方笔录的真实性、合法性和关联性。如果发现原有证据存在瑕疵或不足，也可能导致认定的变更。
3. 程序瑕疵的纠正：如果纪委在调查过程中存在程序瑕疵，如未充分听取被调查人的陈述和申辩、未全面收集证据等，这些瑕疵在申诉阶段被指出并纠正后，也可能导致认定的变更。

三. 申诉后的处理

1. 重新调查：纪委在收到申诉后，可能会根据申诉内容重新进行调查，以核实事实真相。
2. 复议或复核：部分纪委或相关机构可能设有复议或复核机制，对申诉进行再次审查，并作出最终决定。

我的观点：纪委仅凭双方笔录认定的男女发生关系，并非最终结论。在申诉过程中，如果存在新证据、证据审查的深入或程序瑕疵的纠正等情况，都有可能导致认定的变更。因此，如果您对纪委的认定结果有异议，建议及时提出申诉，并尽可能提供新的证据或线索，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。