借款人已还清借款但对方仍持有借条时，借款人应与债权人沟通确认债务清偿情况，并尽快搜集证据以证明借款已还清，必要时通过法律途径维护自身权益。

一. 及时沟通与确认

1. 立即联系债权人：借款人应立即与债权人取得联系，说明借款已还清但借条仍在对方手中的情况，并要求债权人确认债务已清偿，最好能够取回或销毁借条原件，防止未来产生不必要的纠纷。

   • 例如，你可以通过电话、邮件或短信等方式与债权人沟通，并保留好沟通记录。

2. 确认接收人身份：若借条交给了债权人本人或其委托的第三方，应确保有明确的证据证明这一事实，如债权人的收条、授权委托书等，以确保借条的合法性和有效性。

二. 全面搜集证据 为了证明借款已经还清，借款人需要搜集以下证据：

1. 银行转账记录：若通过银行转账还款，应保存存款凭证或调取银行流水明细作为证据，这是最直接且有力的还款证明。
2. 收条与还款证明：若为现金还款，应尽可能让债权人出具收条，注明借款金额、还款日期及方式。若有第三方在场，其证人证言也可作为辅助证据。
3. 对账单与聊天记录：如果存在多笔借贷关系，可以制作对账单并由双方签字确认。同时，保留与债权人的聊天记录，特别是提及借款已还清的部分，这些都可以作为间接证据来证明借款已经还清。

三. 应对债权人的不当要求

1. 若债权人凭借条要求还款：尽管借款人已经还清借款，但如果债权人仍然凭借条要求还款，借款人可以向法院提起诉讼，提交搜集到的证据以证明借款已还清。法院在认定借款已经还清的事实后，债权人的请求将不会得到支持。

四. 法律途径与注意事项

1. 法律诉讼：在无法通过沟通解决问题时，借款人可以通过法律途径维护自身权益，向法院提起诉讼并提交相关证据。
2. 长久保存凭证：无论是借款凭证还是还款凭证，借款人都应长久保存以备不时之需。这些凭证在可能的纠纷或法律诉讼中具有重要证据价值。
3. 提高证据意识：借款人在还款后应索回并销毁借条原件，或者要求债权人出具收条等证明文件，以避免未来发生纠纷时无法证明自己的主张而承担不利后果。

综上所述，我建议借款人在还清借款后务必确保借条被妥善处理。如果借条仍在对方手中，应尽快与债权人沟通并搜集证据以证明借款已还清。如有进一步需要，您可以继续咨询我。