签完仲裁申请书之后，如果公司发放了工资，您可以根据以下情况来做出相应的处理：

首先，您需要确认公司发放的工资是否足额，并且是否符合劳动合同的约定。如果公司足额发放了工资，并且符合合同约定，那么您的基本权益已经得到了保障。然而，从程序上来说，您仍然可以继续进行劳动仲裁，以主张其他可能存在的权益，比如经济补偿、未签合同的双倍工资等。

如果公司发放的工资不足额，或者存在其他未解决的劳动纠纷，您应该及时向劳动仲裁委员会说明情况，并提供相关的证据，比如工资发放明细、劳动合同等。劳动仲裁委员会将依法对整个劳动争议进行全面审查和裁决，根据具体证据和法律规定来判定公司是否需要支付加班工资、经济补偿等。

在处理这种情况时，建议您保持冷静，理性分析自己的权益和需求，同时积极与劳动仲裁委员会沟通，以便更好地维护自己的合法权益。如果您对劳动仲裁的流程或相关法律法规有任何疑问，也可以咨询专业的法律人士或律师，以获取更详细的解答和建议。