父亲在部队服役进行亲子鉴定，与普通情况下的亲子鉴定流程大致相同，但需特别注意相关证件的提供及鉴定机构的选择。以下是具体的流程和注意事项：

一. 鉴定所需材料

1. 鉴定委托书：如果是司法鉴定，需要提供执法机关、法院、律师事务所或相关部门签发的亲子鉴定委托书，以证明鉴定的合法性和正当性。

2. 身份证明：所有被鉴定人（包括父亲、母亲和孩子）均需提供身份证。如果母亲也参与鉴定，同样需要提供身份证。孩子的出生证明和户口本也是必要的，以确认孩子的身份和亲属关系。

3. 鉴定样本：每位当事人的血样或其他可用于DNA检测的样本，如毛发等。这些样本将用于实验室的DNA比对分析。

二. 鉴定流程

1. 提交鉴定申请：向选定的具有合法资质的鉴定机构提交亲子鉴定申请，并附上相关材料。

2. 采集样本：在鉴定机构的指导下，完成样本的采集工作。通常采集血液样本进行DNA比对，但也可以选择其他合适的样本类型。

3. 样本检测：鉴定机构对采集的样本进行检测，提取DNA信息，并进行比对分析。

4. 出具报告：根据比对结果，鉴定机构会出具详细的亲子鉴定报告，明确说明鉴定结果。这份报告具有法律效力，可以作为相关法律程序的依据。

三. 注意事项

1. 选择正规机构：务必选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构进行亲子鉴定，以确保鉴定结果的准确性和公正性。

2. 保护隐私：在鉴定过程中，应充分尊重和保护当事人的隐私权，避免泄露个人信息和鉴定结果。

3. 遵循法律程序：如果是司法鉴定，必须严格按照法律程序进行，包括委托书的签发、样本的采集和检测、报告的出具等。

4. 考虑特殊情况：由于父亲在部队服役，可能存在时间上的限制或特殊情况的考虑。因此，在选择鉴定机构和安排鉴定时间时，应充分沟通并协商确定最合适的方案。

我的建议：在进行亲子鉴定前，最好先与所在部队的相关部门或法律顾问进行咨询，了解是否有特殊的规定或流程需要遵循。同时，选择正规、有资质的鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。