在探讨甲方公司与乙方公司的关系时，我们首先要明确他们之间的合作模式和具体约定。基于你的描述，乙方投资甲方公司，这通常意味着乙方为了获取某种回报（如股权、利润分享等）而向甲方注入资金。接下来，我将从不同角度对这一问题进行详细分析：
合作关系：
- 如果乙方投资甲方，并且双方签订了投资协议或合作合同，明确约定了投资金额、投资方式、回报方式以及双方的权利和义务，那么可以认为他们之间建立了合作关系。这种合作关系可能表现为股权合作、债权投资或其他形式的投资合作。
- 在这种合作关系中，乙方作为投资者，可能会获得甲方公司的一定比例股权，成为股东之一，或者通过债权方式获得固定的利息回报。
其他可能的关系：
- 如果乙方投资甲方，但并未签订明确的投资协议或合作合同，或者投资方式较为特殊（如通过购买甲方产品或服务的形式进行投资），那么他们之间的关系可能更加复杂，需要根据具体情况来判断。
- 在某些情况下，如果乙方的投资行为并未导致甲方公司股权结构的变化，且乙方不参与甲方的经营管理，那么他们之间的关系可能更倾向于一种资金借贷或商业交易关系。
综上所述，乙方投资甲方公司后，他们之间的关系通常可以认为是合作关系，但具体形式需要根据双方签订的协议或合同来确定。如果双方没有签订明确的协议或合同，或者投资方式较为特殊，那么需要具体问题具体分析，以确定他们之间的确切关系。
希望这个回答能够帮助你更好地理解甲方公司与乙方公司之间的关系。如果你有任何进一步的问题或需要更详细的法律解释，请随时向我咨询。