关于“支付宝起诉会冻结医保卡吗”这个问题，首先我们需要明确几个关键点：支付宝起诉的情境、法律程序的一般流程、以及医保卡冻结的特定条件。
支付宝起诉的情境：
- 支付宝作为一方当事人，可能会因为用户违约（如欠款不还）而提起诉讼。
- 在诉讼过程中，支付宝可能会申请法院采取保全措施，如冻结银行账户、支付宝账户等，以确保未来判决的执行。
法律程序的一般流程：
- 起诉后，法院会进行审理，并根据证据和法律规定作出判决。
- 如果判决支持支付宝的诉求，用户需要履行判决确定的义务。
- 如果用户不履行，支付宝可以申请法院强制执行，包括冻结银行账户、查封财产等。
医保卡冻结的特定条件：
- 医保卡是用于医疗保障的专用卡，其冻结通常与医疗保险费用、医疗欺诈、违法行为等相关。
- 在一般的民事纠纷中，如支付宝起诉用户欠款，医保卡通常不会被冻结。
- 除非有特殊情况，如用户涉及医疗欺诈或违法行为，且这些行为与医保卡有关联，否则医保卡不会被冻结。
综上所述，支付宝起诉用户欠款的情况下，一般不会导致医保卡的冻结。法院在采取保全措施时，通常会选择与用户欠款直接相关的账户或财产进行冻结或查封，而医保卡作为医疗保障的专用卡，与欠款纠纷无直接关联，因此不会被冻结。当然，如果用户涉及其他与医保卡相关的违法行为，那另当别论。所以，针对您的具体问题，“支付宝起诉会冻结医保卡吗？”答案是：不会。