在起诉离婚分居期间被骚扰，确实是一个比较棘手的问题，但您不必过于担心，以下是一些具体的建议来帮助您应对这种情况：

一、保留证据

首先，您要尽可能保留所有与骚扰有关的证据。这些证据可以包括短信、电话记录、聊天记录、录音、视频等。这些证据在后续的法律程序中将会起到至关重要的作用，它们能够有力地证明骚扰行为的存在及其具体细节。请确保这些证据的真实性和完整性，以便在需要时能够提供给相关机构或法院。

二、向公安机关报案

如果骚扰行为严重干扰了您的正常生活，您可以向所在地的公安机关进行报案。公安机关会根据具体的骚扰情形，采取适当的措施来处理骚扰者，例如给予警告、罚款甚至拘留等。在报案时，请提供尽可能详细的骚扰情况和证据，以便公安机关能够更好地进行调查和处理。

三、向法院申请保护令

在起诉离婚的过程中，如果您担心骚扰行为会对您的人身安全构成威胁，您可以向法院申请保护令。保护令可以禁止骚扰者在一定期限内对您进行骚扰、威胁等行为。法院会根据您的申请和提供的证据，决定是否颁发保护令，并确保其得到有效执行。

四、告知法院骚扰情况

在离婚诉讼中，您一定要将被骚扰的实际情况详细地告知法院。法院在审理离婚案件时，会充分考虑这一因素，并可能将其作为判决离婚相关事宜的重要考量点。因此，将骚扰情况告知法院，有助于法院更全面、公正地审理案件，并作出对您有利的判决。

五、注意自身安全

在处理骚扰问题的过程中，您的自身安全是最重要的。请尽量避免与骚扰者产生直接的冲突，并采取一些有效的自我保护措施。例如，及时更换联系方式，让骚扰者无法轻易联系到您；在日常生活中，尽量避免单独出行，减少遭遇骚扰的风险。如果条件允许，您也可以考虑寻求家人、朋友或专业机构的帮助和支持。

总之，面对起诉离婚分居期间的骚扰问题，您要勇敢站出来，积极运用法律武器来维护自己的合法权益。同时，也要保持冷静和理智，采取有效的措施来保护自己的人身安全和隐私。希望这些建议能够对您有所帮助。