运营期履约保函的扣除比例并非由法律直接规定，而是由合同双方根据具体情况在合同中协商确定。以下是关于此问题的详细分析：

一. 运营期履约保函的扣除比例

1. 合同约定：运营期履约保函的扣除比例首先应依据合同中的具体条款来确定。合同双方会在签订合同时，根据项目的性质、风险、双方的谈判地位以及市场惯例等因素，协商并明确履约保函的扣除比例。
2. 法律上限：虽然法律没有直接规定运营期履约保函的扣除比例，但根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十八条，履约保证金（包括运营期履约保函）不得超过中标合同金额的10%。这为履约保函的扣除比例提供了法律上的上限参考。

二. 影响因素

1. 项目性质与风险：项目的性质、复杂程度以及潜在风险会影响履约保函的扣除比例。高风险项目可能需要更高的扣除比例以作为违约时的补偿。
2. 双方谈判地位：合同双方的谈判地位和力量对比也会影响扣除比例的确定。通常，处于优势地位的一方可能能够争取到更有利的扣除比例。
3. 市场惯例与行业习惯：不同行业和市场对于履约保函的扣除比例可能有不同的惯例和习惯。这些惯例和习惯往往会在合同签订时被参考和借鉴。

三. 操作建议

1. 明确约定：在签订合同时，应明确约定运营期履约保函的扣除比例，以避免后续产生争议。
2. 合理协商：双方应基于项目的实际情况和风险水平，通过友好协商来确定合理的扣除比例。
3. 关注法律上限：在协商扣除比例时，应注意不要超过法律规定的上限，即中标合同金额的10%。

综上所述，运营期履约保函的扣除比例是一个由合同双方根据具体情况协商确定的指标，而非由法律直接规定。在协商和确定扣除比例时，应充分考虑项目的性质、风险、双方的谈判地位以及市场惯例和行业习惯等因素，并确保不超过法律规定的上限。如有进一步需要，您可以继续咨询我。