网贷逾期且微信已被司法冻结，银行卡不会自动扣款以偿还网贷。具体分析如下：

一. 网贷逾期与资产冻结

1. 网贷逾期的影响：网贷逾期本身并不直接导致微信或银行卡被冻结，但若逾期情节严重，网贷平台可能会通过法律途径追讨债务，进而引发资产冻结。
2. 司法冻结的效力：一旦微信账户被司法冻结，意味着该账户内的资金无法自由支配，包括用于自动扣款偿还网贷。

二. 银行卡自动扣款的前提

1. 扣款协议的存在：通常情况下，银行卡自动扣款需要借款人与银行或网贷平台签订相关的扣款协议。
2. 账户状态正常：即使签订了扣款协议，如果银行卡或相关账户被司法冻结，扣款操作也无法进行。

三. 法律层面的分析

1. 冻结的法律依据：根据相关法律法规，法院有权在特定情况下对债务人的资产进行冻结，以保护债权人的权益。
2. 扣款受限：在资产被司法冻结的情况下，任何未经法院许可的扣款行为都是违法的，因此银行卡不会自动扣款以偿还网贷。

四. 实际操作的建议

1. 积极沟通：与网贷平台沟通，了解逾期情况，寻求还款安排或解决方案。
2. 法律咨询：如面临法律纠纷，建议咨询专业律师，了解自身权益和可能的法律后果。

综上所述，在网贷逾期且微信已被司法冻结的情况下，银行卡不会自动扣款以偿还网贷。我建议你积极与网贷平台沟通，并寻求专业的法律咨询，以妥善处理逾期问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。