协议搬迁与征收在开具发票上的确存在区别，这主要体现在两者的性质、主体以及所依据的法律法规不同，进而影响到发票的开具方式和内容。以下是对这一问题的详细分析：

1. 性质与主体不同：

   • 协议搬迁：通常是在双方自愿的基础上，通过协商达成的搬迁协议。其主体一般是搬迁人与被搬迁人（如房屋所有权人、使用权人等），属于民事法律行为。
   • 征收：则是政府为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序，对公民、法人或者其他组织的财产（如房屋、土地等）进行强制性取得的行为。其主体是政府和被征收人，属于行政法律行为。

2. 法律依据不同：

   • 协议搬迁主要依据的是《民法典》中关于合同的相关规定，以及可能涉及的地方性法规或政策。
   • 征收则主要依据的是《国有土地上房屋征收与补偿条例》等行政法规和地方性法规。

3. 发票开具的区别：

   • 协议搬迁：由于属于民事法律行为，搬迁费用或补偿款的支付通常通过民事合同来约定。因此，在开具发票时，一般会按照民事合同的约定进行，可能涉及的是服务费、搬迁费、补偿款等名目的发票。具体开具何种发票，还需根据合同的具体内容和双方当事人的约定来确定。
   • 征收：由于属于行政法律行为，征收补偿款的支付是由政府按照行政法规和地方性法规的规定进行的。因此，在开具发票时，通常会按照政府财政管理的相关规定进行，可能涉及的是征收补偿款、安置费等名目的发票。这些发票的开具需要遵循政府财政部门的有关规定和程序。

综上所述，协议搬迁与征收在开具发票上的区别主要体现在两者的性质、主体以及所依据的法律法规不同，进而影响到发票的开具方式和内容。在实际操作中，需要根据具体情况来确定开具何种发票以及如何开具发票。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。