农业工程项目居间费是合法的，只要居间费的收取是基于中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，并且委托人同意支付相应的报酬。
一. 农业工程项目居间费的合法性
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百六十一条的规定，中介合同是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。这一规定同样适用于农业工程项目居间费。只要中介人提供了相应的服务，并且委托人同意支付报酬，那么居间费的收取就是合法的。
二. 农业工程项目居间费的操作方式
- 在实际操作中，农业工程项目的居间费通常是根据项目的规模、难度、中介人提供的服务内容以及双方的约定来确定。例如，如果中介人成功帮助委托人促成了一个大型的农业工程项目合同，那么委托人可能会根据合同金额的一定比例支付居间费。
三. 注意事项
- 居间费的收取应当明确、合理，并且双方应当签订正式的书面合同，明确居间费的具体金额、支付方式、支付时间等条款，以避免后续产生纠纷。
- 中介人在提供服务时，应当遵循诚实信用原则，不得提供虚假信息或者隐瞒重要事实，否则可能会承担相应的法律责任。
我建议在涉及农业工程项目居间费时，双方应当充分沟通、协商，并签订正式的书面合同，以确保各自的权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。