如果司法亲子鉴定女方不配合，法院有权依据男方提供的证据及女方的拒绝行为作出不利推定。以下是详细分析：

一. 法律依据与处理方式

1. 法律依据明确：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，若父或母向人民法院起诉请求否认或确认亲子关系，并提供了必要证据，而另一方没有相反证据却拒绝做亲子鉴定，人民法院可以认定起诉方的主张成立。

2. 具体处理方式：

   • 男方需尽可能收集能证明亲子关系存在或不存在的证据，例如分居时间证明、孩子与父母的容貌相似度、生活习惯的相似性等。
   • 在诉讼过程中，男方可以向法院提出亲子鉴定申请，由法院要求女方配合。
   • 若女方无相反证据且拒绝鉴定，法院将结合其他证据和事实情况，依法作出对女方不利的推定，可能认定男方的请求成立。

二. 实际案例与理解

• 例如，在一起抚养权纠纷案件中，男方怀疑孩子非亲生并请求进行亲子鉴定，但女方拒绝配合。此时，男方提供了分居证明、孩子与自己容貌差异大等证据。法院在综合考虑证据后，可能因女方的拒绝行为而作出对女方不利的推定，即认定孩子非男方亲生。

三. 我的观点与建议

• 沟通为先：尽管法律提供了解决途径，但沟通仍是解决问题的首选。男方可以尝试与女方深入沟通，解释亲子鉴定的重要性，消除其疑虑。
• 积极收集证据：男方应积极收集并整理相关证据，以确保在诉讼中有足够的支持。
• 依法维权：若沟通无果，男方可以依法向法院提起诉讼，请求确认或否认亲子关系，并依据法律规定申请亲子鉴定。

综上所述，若女方不配合司法亲子鉴定，男方可以依据相关法律规定向法院提起诉讼，并由法院根据证据和女方的拒绝行为作出相应判定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。