企业与独立法人企业的关系，从本质上来讲，是包含与被包含的关系。独立法人企业是企业的一种特殊形式，它具备独立的法律人格，能够独立享有民事权利和承担民事义务。

首先，明确独立法人企业的核心特征：

1. 独立的人格：独立法人企业与投资者、管理人员等自然人相互独立，以自身名义参与经济活动。
2. 独立的财产：企业拥有独立于出资人的财产，自主支配和使用。
3. 独立承担民事责任：企业以其全部财产对债务承担责任，出资人通常仅以其出资额为限对企业债务承担有限责任。

接着，分析企业与独立法人企业的关系：

1. 包含关系：所有的独立法人企业都是企业的一种，但并非所有企业都是独立法人企业。例如，个体工商户、合伙企业等虽然也是企业，但它们不具备法人资格，因此不是独立法人企业。
2. 法律地位：独立法人企业在法律上具有独立的地位，可以独立起诉、应诉，享有完整的法律权利和承担法律责任。而非法人企业，在法律上则不能独立承担责任，其责任通常由投资者或合伙人承担。
3. 运营灵活性：独立法人企业因其独立的法律地位和财产，具有更大的运营灵活性和风险隔离能力。它们可以更容易地获得银行贷款、吸引投资者，并在市场竞争中保持稳定性。

最后，总结企业与独立法人企业的关系：

企业与独立法人企业是密切相关的，但又是有所区别的。独立法人企业是企业的一种特殊形式，它具备了企业所不具备的独立法律人格和财产独立性。这种特殊性使得独立法人企业在经济活动中具有更大的灵活性和风险隔离能力，但同时也需要承担更多的法律责任和义务。因此，在选择企业形式时，需要根据自身的需求和风险承受能力进行权衡和决策。