如果借款已经还清，但对方不愿意归还借条，这确实是一个需要妥善处理的问题。以下是我给出的建议：

首先，明确结论：

借款已还清，对方不还借条，你可以通过法律途径维护自己的权益，确保不会因借条的留存而引发后续的纠纷。

接下来，详细分析并给出建议：

1. 与对方沟通并保留记录：

   • 尝试与对方进行友好沟通，要求其归还借条，并妥善保留好这些沟通的记录，如短信、微信聊天记录等，这些记录可以作为证据，证明你曾要求对方归还借条。

2. 固定还款事实：

   • 如果对方拒绝归还借条，你可以尝试用录音等方式，将对方承认借款已还的事实固定下来。这有助于在后续的法律纠纷中，证明借款已经还清。

3. 向法院提起诉讼：

   • 若沟通无果，你可以向法院提起诉讼，要求对方归还借条。在诉讼过程中，你需要提供转账记录、聊天记录等其他能够证明借款已还的证据。法院会依据双方提供的证据进行审理，并作出相应判决。

4. 申请法院调查取证：

   • 在诉讼过程中，你还可以向法院申请对对方进行调查，以获取与借款、还款相关的证据。这有助于增强你的证据链，提高胜诉的可能性。

5. 办理提存公证：

   • 另外，你也可以去当地的公证机构申请办理提存公证，将还款凭证等相关材料进行提存。这同样可以证明借款已经归还，等以后有需要的时候再拿出来使用。

法律依据：

• 根据《民法典》合同编的相关规定，债务履行完毕后，债权债务关系终止。若能证明已还款，借条所代表的债权债务应消灭。
• 法院在审理此类案件时，会全面考量全案证据，包括转账记录、聊天记录、证人证言等，以事实为基础，依法作出公正裁决。

总结：

面对对方不还借条的情况，你应积极采取行动，通过沟通、录音、诉讼等多种方式维护自己的合法权益。同时，保留好所有与借款、还款相关的证据，以便在后续的法律纠纷中证明自己的清白。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。