针对村干部非法填农田的问题，您可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
首先，我们要明确法律依据。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人都不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。农村的土地，除法律规定属于国家所有的以外，都属于农民集体所有。因此，村干部无权私自侵占或改变农田的用途。
接下来，您可以按照以下步骤进行维权：
与村干部协商：
- 尝试与涉事的村干部进行直接沟通，明确指出其填农田行为的违法性，并要求其停止侵害、恢复原状或赔偿损失。
- 在协商过程中，务必保留好相关证据，如谈话录音、书面协议或现场照片等，以备后续使用。
向村委会或上级政府反映：
- 如果与村干部的协商没有结果，您可以向所在村的村民委员会反映情况，请求其介入调查并处理此事。
- 同时，您也可以向上级政府部门（如乡镇政府、县政府等）进行举报，要求其对村干部的违法行为进行查处。
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 如果您对政府部门的处理结果不满意，或者认为政府部门存在不作为的情况，您可以依法申请行政复议，要求重新审查并作出处理。
- 行政复议后，如果问题仍然没有得到解决，您可以向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 在维权过程中，如果您遇到法律难题或不确定如何操作，可以寻求法律援助机构的帮助，获取专业的法律支持。
- 同时，咨询专业律师也是明智之举，他们可以为您提供详细的法律分析和指导，帮助您制定合适的维权策略。
最后，还有一些注意事项需要您关注：
- 保持冷静和理性：在维权过程中，务必保持冷静和理性，避免情绪化的行为影响问题的解决。
- 注重证据收集：证据是维权的关键，您要尽可能多地收集和保存与农田权属、侵权行为相关的证据材料。
- 遵守法律法规：在维权过程中，您要严格遵守法律法规，不得采取过激行为或违法手段来维护自己的权益。
综上所述，面对村干部非法填农田的问题，您可以通过与村干部协商、向村委会或上级政府反映、申请行政复议或提起行政诉讼以及寻求法律援助或咨询专业律师等途径来维护自己的合法权益。同时，也要注意保持冷静和理性、注重证据收集以及遵守法律法规等事项。