单项工程收取乙方保证金的方式和标准需根据合同的具体规定来确定，但通常包括投标保证金、履约保证金和质量保证金等类型。以下是对不同类型保证金收取方式和标准的详细分析：
一. 投标保证金
- 收取方式：投标保证金一般在投标截止时间之前由投标人向招标人或招标代理机构缴纳。缴纳形式可以是现金、支票、银行保函或招标人规定的其他形式。
- 收取标准：投标保证金一般不得超过投标总价的2%，最高不得超过80万元人民币。
二. 履约保证金
- 收取方式：履约保证金一般在中标通知书发出之后，合同签订之前由中标人（即乙方）向招标人（即甲方）缴纳。缴纳形式同样可以是现金、支票、银行保函或招标人规定的其他形式。
- 收取标准：履约保证金的金额根据合同的具体情况而定，但一般不得超过中标合同金额的10%。履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
三. 质量保证金
- 收取方式：质量保证金通常是从应付的工程款中预留，也可以由承包人（即乙方）另行缴纳。在工程所在地开设专户，由甲乙双方进行监管也是一种常见的方式。
- 收取标准：质量保证金一般是按照工程价款结算总额的一定比例来预留，比例不得高于工程价款结算总额的3%。质量保证金又称建筑工程信誉保证金，其主要目的是保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。
- 缺陷责任期：缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。在缺陷责任期内，如果施工单位未尽到维修义务，建设单位可以另找他人进行维修，所需费用从质保金中扣除。剩余部分在质保期结束后，建设单位必须支付。
四. 施工安全保证金
对于施工安全保证金，其收取标准可能因地区和行业规定而有所不同。一般来说，施工安全保证金是根据单项工程合同造价来确定的：
- 单项工程合同造价在200—500万元的，施工安全保证金为2万元；
- 单项工程合同造价在500—1000万元的，施工安全保证金为5万元；
- 单项工程合同造价超过1000万元的，施工安全保证金以造价的0.5%为标准测算。
我建议：在签订单项工程合同时，双方应明确约定保证金的类型、收取方式、收取标准和退还条件等条款，以避免后续发生纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。