合作协议中甲方和乙方的确定应基于双方在合作中的地位、角色、行业惯例及协商结果。以下是对此结论的详细分析：

一. 基于双方在合作中的地位与角色

1. 甲方通常是提出合作目标或需求的一方，在合作中占据主导地位，或是资源的提供方、资金的投入方等。例如，在技术研发合作中，提出研发需求并提供资金的企业往往被视为甲方。
2. 乙方则是接受合作目标或需求，并负责具体执行或实现的一方。他们根据合作协议的约定，完成甲方提出的任务或目标，并获取相应的报酬或利益。

二. 遵循行业惯例

1. 在某些特定行业中，甲方和乙方的划分已形成固定的惯例。例如，在建筑工程领域，建设单位（即投资方或发包方）通常被视为甲方，而施工单位（即承包方）则被视为乙方。
2. 这些惯例的形成有助于简化合作流程，提高沟通效率，并减少因角色定位不明而产生的纠纷。

三. 双方协商确定

1. 在实际合作中，甲方和乙方的身份并非一成不变，而是可以根据双方的协商结果进行调整。只要双方达成一致意见，并在合作协议中明确约定，即可按照约定的方式来确定甲乙双方。
2. 协商确定的方式体现了合同双方的平等自愿原则，有助于建立更加公平、合理的合作关系。

四. 法律地位平等

1. 无论被标记为甲方还是乙方，合作双方在法律上的地位都是平等的。甲方和乙方的称呼仅用于区分和识别合作各方，不代表其中一方享有法律上的优越地位或特权。
2. 合作协议应明确列出双方的权利义务，确保合同的清晰性和可执行性，这是避免后续因主体指代不明而产生纠纷的关键。

综上所述，合作协议中甲方和乙方的确定应综合考虑双方在合作中的地位、角色、行业惯例及协商结果。同时，应确保双方在合作协议中的法律地位平等，并明确各自的权利义务，以保障合作的顺利进行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。