对于明显偷税漏税但已经缴纳了罚款的情况，处理方式主要依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，以及税务机关的具体行政措施。以下是详细分析：

一. 法律依据与处理原则

1. 《中华人民共和国刑法》第二百零一条：纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，将面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金的处罚。若数额巨大且占应纳税额百分之三十以上，则处罚更为严厉，为三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 补缴税款与滞纳金：根据该法条，如果纳税人在税务机关依法下达追缴通知后，补缴了应纳税款及滞纳金，并已受行政处罚，那么通常不会再追究刑事责任。但这一宽免条款不适用于五年内因逃避缴纳税款受过刑事处罚或被税务机关给予二次以上行政处罚的纳税人。

二. 实际处理流程

1. 税务机关调查：首先，税务机关会对涉嫌偷税漏税的行为进行调查，核实税款漏缴情况。

2. 下达追缴通知：一旦查实，税务机关会向纳税人下达追缴通知，要求补缴税款及滞纳金。

3. 缴纳罚款与税款：纳税人需按通知要求，及时缴纳罚款及补缴的税款和滞纳金。

4. 行政处罚：根据偷税漏税的严重程度，税务机关可能会对纳税人进行行政处罚，如罚款、警告等。

5. 刑事责任判定：若纳税人符合《刑法》第二百零一条规定的情形，且不属于补缴税款后不予追究刑事责任的例外情况，则可能面临刑事责任。

三. 后续建议

• 合规经营：我建议纳税人在缴纳罚款和补缴税款后，应严格遵守税收法规，确保未来不再发生偷税漏税行为。
• 持续关注：关注税务机关的后续通知和要求，确保所有税务事项得到妥善处理。
• 如有进一步需要，您可以继续咨询我：对于税务方面的任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时与我联系。

综上所述，对于明显偷税漏税但已经缴纳了罚款的纳税人，虽然可能面临行政处罚和潜在的刑事责任风险，但通过及时补缴税款和罚款，以及后续的合规经营，可以降低这些风险。