商业承兑汇票没有及时接收作废后，持票人已丧失票据权利，但仍可依据基础法律关系主张民事权利。下面我对此进行详细分析：
一. 票据权利的丧失
- 根据《中华人民共和国票据法》的相关规定，承兑汇票到期后，如果持票人未及时接收或行使票据权利，那么该汇票可能会因超过期限而作废。此时，持票人依据票据法享有的票据权利（如追索权、付款请求权等）将随之丧失。
二. 民事权利的保留
- 尽管票据权利已经丧失，但持票人仍然可以依据与出票人、背书人或其他票据债务人之间的基础法律关系（如买卖合同、服务合同等）来主张民事权利。例如，如果持票人是基于买卖合同而取得汇票，那么在汇票作废后，他仍然可以要求卖方承担违约责任或赔偿损失。
三. 具体应对措施
- 审查基础法律关系：首先，持票人应回顾并审查与汇票相关的基础法律关系，明确自己的权利来源和义务内容。
- 与票据债务人沟通：在明确基础法律关系后，持票人可以尝试与出票人、背书人或其他票据债务人进行沟通，协商解决方案。
- 寻求法律救济：如果沟通无果，持票人可以依法向人民法院提起诉讼，要求相关责任人承担民事责任。
我建议持票人在汇票作废后，及时审查基础法律关系，并与相关责任人进行沟通协商。如有必要，可寻求法律救济以维护自己的合法权益。同时，也提醒广大持票人注意票据的接收和行使期限，避免类似情况的发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。