合同工资与发放工资不一样时，补偿通常按照实际发放的工资来算。以下是详细分析：
一. 合同工资与实际工资不符时的补偿标准
- 以实际工资为准：根据相关法律法规，如果合同工资与实际工资不符，在计算赔偿金或经济补偿时，应以实际工资为准。这是因为实际工资反映了劳动者真实的劳动报酬，是劳动者在劳动关系中的实际所得。
- 法律依据：这一规定主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，虽然该法未直接规定合同工资与实际工资不符时的处理办法，但根据劳动法保护劳动者权益的原则，以及实际工资作为劳动者真实劳动报酬的事实，实际工资应作为计算补偿的依据。
二. 合同工资与实际工资不符的法律后果
- 不影响合同效力：合同工资与实际工资不符，并不必然导致劳动合同无效。劳动合同的效力由仲裁或法院认定，如果合同中的工资标准明显低于当地最低工资标准或违反公平原则，或者用人单位以欺诈、胁迫等手段迫使劳动者签订低于实际工资的劳动合同，该劳动合同可能被视为无效或部分无效。
- 劳动者权益保护：如果用人单位拒不履行劳动合同约定的工资，劳动者可以解除劳动合同并要求用人单位支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常基于劳动者在合同解除或终止前十二个月的平均工资，即实际工资。
三. 实际操作建议
- 保存证据：劳动者应妥善保存所有与工资发放记录、合同相关的重要文件，如工资单、银行流水等，以备日后维权之用。
- 及时维权：如果发现合同工资与实际工资不符，劳动者应及时与用人单位沟通协商，要求按照实际工资履行劳动合同。如果协商无果，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
综上所述，合同工资与发放工资不一样时，补偿通常按照实际发放的工资来算。这是为了保护劳动者的实际权益，确保劳动者得到应有的劳动报酬。如有进一步需要，您可以继续咨询我。