甲方未按时付款时，违约金的计算方式应首先依据合同中的约定执行；若合同未明确约定，则可参照相关法律法规或司法解释的规定。

一. 有约定的情况

1. 按约定执行：如果合同双方当事人在合同中明确约定了违约金的计算方式或具体金额，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定来确定违约金。例如，双方可以约定甲方每逾期一天付款，需按照未付款金额的一定比例（如万分之五）支付违约金，或者约定一个固定的违约金数额。

二. 没有约定或约定不明确的情况

1. 参照法律规定：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条的规定，如果合同没有约定逾期付款违约金或者该违约金的计算方法，法院可以依据中国人民银行规定的金融机构逾期贷款利息准则计算，或者参照同期同类贷款利率、贷款市场报价利率等计算利息损失作为违约金。例如，可以按照中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心公布的一年期贷款市场报价利率（LPR）标准为基础，加计一定比例（如30%—50%）计算逾期付款违约金。

2. 考虑实际损失：在司法实践中，法院也会综合考虑违约造成的实际损失、合同履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素，根据公平原则和诚实信用原则予以衡量，并作出裁决。如果乙方因甲方的逾期支付行为遭受了其他实际损失，如为了支付工人工资、材料款等而额外产生的融资成本，乙方可以提供相关证据证明这些实际损失的存在和具体金额，要求甲方予以赔偿。

三. 违约金的调整

无论是按照合同约定还是法定方式计算的违约金，如果存在过高或过低的情况，当事人都可以请求法院或仲裁机构予以适当调整。判断违约金是否过高或过低，会综合考虑合同履行情况、当事人的过错程度、预期利益以及违约金的惩罚性等因素。

我建议，在签订合同时，双方应合理约定违约金标准，并在发生违约时积极寻求解决方案。如果协商不成，守约方可以依据合同约定和法律规定，向人民法院提起诉讼，要求违约方支付违约金并赔偿相关损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。