公安机关对刑事案件中的非法所得，会依法进行追缴、责令退赔、没收并上缴国库。具体处理方式如下：

一. 追缴与责令退赔

1. 追缴：公安机关会依法强制追回犯罪分子违法所得的财物。这包括通过犯罪手段直接获得的金钱、物品等，以及这些非法所得产生的任何经济利益。例如，在盗窃案件中，公安机关会追回被盗的财物或其等值金额。

2. 责令退赔：如果非法所得的财物已被犯罪分子挥霍、毁坏或无法直接追回，公安机关会责令犯罪分子按违法所得的价值向被害人进行退赔。这一措施旨在确保被害人的损失得到最大程度的弥补。

二. 没收并上缴国库

1. 没收对象：对于违禁品和供犯罪所用的本人财物，公安机关会依法予以没收。违禁品包括法律明确禁止持有的物品，如毒品、枪支等；供犯罪所用的本人财物则是指犯罪分子为实施犯罪而使用的属于其本人的财物。

2. 上缴国库：没收的财物以及可能产生的罚金，会一律上缴国库，不得挪用或自行处理。这一规定确保了国家财政的合法性及稳定性，同时也体现了国家对犯罪行为的惩罚性。

三. 处理过程中的注意事项

• 全面调查：公安机关会对犯罪嫌疑人的财务状况进行全面调查，以准确查明非法所得的具体数额和来源。
• 冻结与扣押：一旦发现非法所得，公安机关会立即采取措施进行冻结或扣押，防止犯罪嫌疑人转移或隐匿资产。

综上所述，公安机关对刑事案件中的非法所得会依法进行追缴、责令退赔、没收并上缴国库，以确保司法公正、保护被害人权益，并体现国家对犯罪行为的严厉打击态度。如有进一步需要，您可以继续咨询我。