辞职后，对于毕业生而言，三方协议中关于其与用人单位的权利义务部分失效，但协议中涉及学校与用人单位的其他约定可能仍然有效。以下是详细分析：
三方协议的性质与目的
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。其主要目的是保障毕业生顺利从学校过渡到职场，并规范就业过程中的各项事宜。
辞职对三方协议效力的影响
对毕业生的影响：
- 毕业生辞职后，原三方协议中涉及其与用人单位的具体条款，如服务期限、工作内容、保密义务等，因劳动关系的解除而失去效力。
- 如果三方协议中有关于违约金或其他相关条款的约定，且这些约定与后续劳动合同中的条款不冲突，那么在离职时可能需要按照这些约定来处理。但通常情况下，这些条款在入职签订劳动合同后就已不再适用，而是依据劳动合同的约定来处理。
对用人单位的影响：
- 用人单位与毕业生的雇佣关系终止，不再享有要求毕业生按照三方协议提供劳动服务的权利，同时也无需继续履行协议中针对毕业生的相关义务。
- 用人单位与学校之间的其他约定（如合作培养、实习基地建设等）不受毕业生辞职的影响，仍然有效。
对学校的影响：
- 学校需要对毕业生的就业信息进行更新，但其与用人单位之间的其他约定（如人才培养、科研合作等）不受毕业生辞职的影响。
辞职后的处理建议
- 依据劳动合同处理离职事宜：辞职后，毕业生应主要依据与用人单位签订的劳动合同来处理相关事宜，如离职手续、工资结算、经济补偿等。
- 无需特别解除三方协议：由于三方协议在入职后已经部分失效，且辞职是劳动者与用人单位之间劳动关系的正常解除，因此无需特别解除三方协议。
综上所述，辞职后，三方协议中关于毕业生与用人单位的权利义务部分失效，但协议中涉及学校与用人单位的其他约定可能仍然有效。毕业生在辞职后应主要依据劳动合同来处理与用人单位之间的相关事宜。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。