发生交通事故后，轿车因不按交通指示停车而被罚款，该罚款应当交纳。以下是详细分析：

一. 不按交通指示停车属于违法行为

• 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第四十四条，机动车通过交叉路口或相关路段时，应当按照交通信号灯、交通标志、交通标线或者交通警察的指挥通过。不按交通指示停车，显然违反了这一规定。

二. 违法行为应受处罚

• 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。因此，对于不按交通指示停车的行为，公安机关交通管理部门有权进行罚款处罚。

三. 罚款与交通事故的处理无直接关联

• 值得注意的是，虽然发生了交通事故，但罚款是针对不按交通指示停车这一独立违法行为进行的，与交通事故的处理（如责任认定、赔偿等）并无直接关联。因此，即使交通事故尚未处理完毕，也不影响罚款的交纳。

综上所述，对于因不按交通指示停车而被罚款的情况，您应当按时交纳罚款。这是遵守法律法规、维护交通秩序的必要行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。