摩托车醉驾撞上非机动车，在责任认定为主次责且双方都受伤的情况下，赔偿将依据各自的责任比例进行，同时需考虑醉驾这一严重违规行为的特殊影响。
一. 责任比例与赔偿
- 主要责任与次要责任：根据《道路交通事故处理程序规定》第60条，公安机关交通管理部门会根据当事人的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度来确定责任。在此案例中，摩托车醉驾通常会被视为严重过错，可能承担主要责任，非机动车方若存在轻微过错或无责任，则相应承担次要责任或无责任。主要责任方大约承担70%的赔偿责任，次要责任方承担30%，但具体比例需根据事故具体情况调整。
- 赔偿项目：赔偿项目包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住院伙食补助费等直接损失，以及后续治疗费、残疾赔偿金等间接损失。这些费用将根据双方的实际损失和责任比例进行分摊。
二. 醉驾的特殊影响
- 醉驾是严重的交通违法行为，不仅可能导致刑事责任，还会在民事责任中对赔偿比例产生影响。由于醉驾行为极大地增加了事故发生的危险性，因此，在责任认定和赔偿比例上，醉驾方通常会承担更重的责任。
三. 赔偿流程
- 协商：双方可首先尝试通过协商解决赔偿问题，根据各自的责任比例和实际损失来达成赔偿协议。
- 诉讼：若协商不成，任何一方均可通过诉讼途径来寻求赔偿。在诉讼过程中，法院将依据事故责任认定书、双方提供的证据以及相关法律法规来作出判决。
四. 实际案例理解
- 例如，若摩托车醉驾方医疗费为10万元，非机动车方医疗费为5万元，根据70%与30%的责任比例，摩托车方可能需要承担自身医疗费的70%（即7万元）以及非机动车方医疗费的70%（即3.5万元），非机动车方则需承担自身医疗费的30%（即1.5万元）。但具体赔偿金额还需考虑其他因素，如保险理赔等。
我建议，在处理此类事故时，双方应首先保持冷静，尽快报警并寻求医疗救助。在赔偿问题上，应尽可能通过协商解决，以避免不必要的诉讼成本和时间消耗。同时，也应注意到醉驾行为的严重性，以及其对赔偿比例和责任认定的影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。