当您发现房屋合同上的面积与全款发票上的面积不一致时，这确实是一个需要仔细处理的问题。以下是根据相关法律法规和常规操作，为您提供的详细处理建议：
一、明确面积差异及原因
首先，您需要准确计算面积误差比，使用公式“|（实际面积 - 合同面积）/ 合同面积| × 100%”来确定误差的具体比例。接着，尝试查找面积差异的原因，这可能源于测量误差、设计变更或施工调整等。您有权要求开发商提供详细的测量报告和面积差异说明。
二、依据误差比例及合同约定处理
面积误差比在3%以内（含3%）：
- 如果合同中有约定，应按照约定处理。
- 如果合同无约定或约定不明确，一般按照合同约定的价格据实结算，即根据实测面积调整房款支付金额，多退少补。
面积误差比超出3%：
- 您有权选择解除合同，并要求开发商返还已付房款及利息。
- 如果您选择继续履行合同：
- 实际面积大于合同约定面积的，您只需支付3%以内部分的额外房款，超出部分由开发商承担，且该部分产权归您所有。
- 实际面积小于合同约定面积的，对于误差比在3%以内的部分，开发商应返还您相应的房款及利息；对于超出3%的部分，开发商需双倍返还您该部分的房款。
三、协商与维权途径
与开发商协商：
- 在发现面积不一致后，首先应与开发商进行友好沟通，提出您的合理诉求，并尝试寻求双方都能接受的解决方案。
书面通知与记录：
- 如果协商无果，您应向开发商发出书面通知，明确表达您的诉求及法律依据，并保留所有沟通记录作为后续证据。
法律途径维权：
- 若协商仍无法解决问题，您可以考虑通过向房地产行政主管部门投诉、申请仲裁或向人民法院提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 在整个处理过程中，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。律师可以帮助您分析案情、制定策略，并提供专业的法律代理服务。
四、注意事项与建议
保持冷静和理性：
- 在处理此类问题时，请保持冷静和理性，避免情绪化的决策。
熟悉法律法规：
- 事先了解并熟悉相关的法律法规和合同条款，以确保您的权益得到充分保障。
保留证据材料：
- 妥善保管与购房相关的所有证据材料，如购房合同、全款发票、测量报告等，以便在需要时能够迅速提供证明。
综上所述，当房屋合同面积与全款发票不一致时，您应根据面积误差的具体比例和合同中的相关约定来妥善处理。在处理过程中，保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的合法权益。