员工病假3个月结束后仍不能上班，公司不能以旷工为由辞退员工，但可以按照法定程序处理劳动关系。下面我为您详细分析：

一. 病假结束后的处理

1. 医疗期保护：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条，员工患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得解除劳动合同。病假3个月若属于医疗期内，公司不得以此为由辞退员工。

2. 医疗期满后的评估：医疗期满后，员工若仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条第一项，用人单位需提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付一个月工资后，方可解除劳动合同。

二. 不能以旷工为由辞退

• 旷工通常指的是员工无正当理由缺勤，而员工因病假不能上班是出于正当理由。因此，公司不能以旷工为由辞退处于病假期间或病假结束后因病仍不能上班的员工。

三. 后续处理建议

1. 协商解除：公司与员工可以协商解除劳动合同，并支付相应的经济补偿。经济补偿的标准按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

2. 关注员工健康：公司也可以考虑给予员工更多的康复时间，或者提供适当的岗位调整，以体现人文关怀和企业责任。

我建议：公司应严格按照法律法规处理与员工的劳动关系，确保合法合规。同时，员工也应积极配合公司的评估和处理，争取合理的权益保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。