对收购、加工、运输明知是盗伐、滥伐等非法来源的林木责令停止违法行为的程序，主要由县级以上人民政府林业主管部门按照一系列流程来执行。具体程序如下：

一. 程序流程

1. 发现或接到举报：林业主管部门发现或接到举报有依法应当给予行政处罚的行为，以及有关部门移送的案件，予以审查，决定是否立案。

   • 例如，林业主管部门在日常巡查中发现某加工厂正在加工非法来源的林木，或者接到群众举报某运输公司运输盗伐的林木。

2. 组织调查取证：对立案的案件，林业主管部门组织调查取证，必要时依法进行检查。调查时执法人员不得少于两人，执法时应出示执法身份证件，允许当事人辩解陈述，执法人员与当事人有直接利害关系的应当回避。

   • 例如，林业主管部门会派遣两名以上执法人员前往现场调查，收集证据，并询问当事人。

3. 审查并提出处理意见：林业主管部门对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行审查，提出处理意见。

   • 例如，林业主管部门会对收集到的证据进行审查，确认违法事实，并考虑当事人的陈述和申辩。

4. 告知当事人权利：在作出行政处罚决定之前，林业主管部门应告知当事人处罚的事实、理由和依据及其依法享有的陈述、申辩等权利。符合听证规定的，行政机关应当组织听证。

   • 例如，林业主管部门会向当事人送达《行政处罚告知书》，告知其违法事实、处罚依据以及享有的权利。

5. 制作并送达行政处罚决定书：林业主管部门制作编有号码的行政处罚决定书，并按法律规定的方式送达当事人。

   • 例如，林业主管部门会制作《行政处罚决定书》，并通过邮寄、直接送达等方式送达给当事人。

6. 执行与监督：责令当事人改正或限期改正违法行为，当事人逾期不履行行政处罚决定的，林业主管部门依法采取措施或申请人民法院强制执行，并监督实施情况。

   • 例如，如果当事人未在规定时间内停止违法行为，林业主管部门有权采取很多强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，甚至申请人民法院强制执行。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国森林法》(2019年修正)第七十八条，违反本法规定，收购、加工、运输明知是盗伐、滥伐等非法来源的林木的，由县级以上人民政府林业主管部门责令停止违法行为，没收违法收购、加工、运输的林木或者变卖所得，可以处违法收购、加工、运输林木价款三倍以下的罚款。

我建议，对于涉及收购、加工、运输明知是盗伐、滥伐等非法来源林木的行为，应严格遵守相关法律法规，避免违法行为带来的法律责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。