甲方从工程款中扣除水电费的比例，并非由法律直接规定，而是通常由合同双方在具体工程项目合同中明确约定。以下是对此问题的详细分析：

一. 合同约定优先

• 在工程项目合同中，甲乙双方会就工程款的支付、扣除项目及其比例等细节进行明确约定。水电费作为工程项目中可能产生的费用之一，其扣除比例及方式一般也会在合同中有所体现。
• 法律依据：虽然法律没有直接规定扣除比例，但《中华人民共和国合同法》第十二条规定，合同的内容由当事人约定，包括价款或者报酬等。因此，水电费的扣除比例应依据合同双方的约定执行。

二. 行业惯例或市场标准

• 在某些情况下，如果合同中没有明确约定水电费的扣除比例，双方可能会参考行业惯例或市场标准来确定。
• 实例说明：例如，在建筑行业，某些地区或类型的工程项目可能有一套相对固定的水电费扣除比例或计算方式，这通常基于行业内的长期实践和经验积累。

三. 协商确定

• 如果合同中没有约定，且没有明确的行业惯例或市场标准可供参考，那么甲乙双方应就水电费的扣除比例进行协商，并达成一致意见。
• 我的观点：在这种情况下，双方应充分考虑工程项目的实际情况、水电费的实际消耗以及双方的利益平衡，通过友好协商来确定合理的扣除比例。

综上所述，甲方从工程款中扣除水电费的比例应由合同双方根据具体情况进行约定或协商确定。因此，在处理此类问题时，建议首先查阅工程项目合同中的相关条款，并据此执行；如果合同中没有明确约定，则可参考行业惯例或市场标准，或通过与对方协商来确定合理的扣除比例。如有进一步需要，您可以继续咨询我。