对于交通运输高风险企业的处理，主要采取约谈、督促整改、加强监管以及依法处罚等多措并举的方式。

一. 约谈与督促整改

1. 约谈企业负责人：如经开交管分局或郑州交警部门，会对高风险运输企业的负责人进行约谈，通报企业存在的突出问题，如车辆逾期未检验、逾期未报废，驾驶人逾期未审验、逾期未换证，以及“三超一疲劳”、酒驾醉驾等违法行为。
2. 督促整改：要求企业强化安全意识，落实企业安全制度，对存在的问题进行及时整改，以消除安全隐患。

二. 加强监管与联合惩戒

1. 持续监管：交管部门会持续加大对高风险运输企业的监管力度，加强对企业整改情况的跟踪复查。
2. 联合惩戒：对整改不到位或拒不整改的企业，将依法依规严肃处理，并联合相关部门采取联合惩戒措施，如暂停高风险企业的相关业务，形成高压态势，倒逼企业主动落实安全责任。

三. 依法处罚

1. 依据法规处理：对于存在严重违法行为的企业，交管部门将依据相关法律法规进行处罚，如《道路交通安全法》等相关规定，对企业的违法行为进行罚款、吊销许可证等处罚。
2. 从重处罚：如青海省的规定，对交通违法处理率低于90%的企业将从重处罚，体现了对高风险企业严格监管的态度。

我建议，交通运输高风险企业应当高度重视自身的安全问题，积极履行安全生产主体责任，加强驾驶人、车辆的安全管理，定期梳理查询所属车辆和驾驶人情况，对存在的问题及时进行整改，以确保营运安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。