不可以同时使用两份父亲的样本进行亲子鉴定。以下是具体的分析：

一. 亲子鉴定的基本原理

• 亲子鉴定是通过比对被鉴定人（如孩子和假定父亲）的遗传物质（如DNA）来确定他们之间是否存在亲子关系。
• 在进行亲子鉴定时，通常需要提供孩子和假定父亲的样本，以及（在可能的情况下）母亲的样本作为参考。

二. 为何不能同时使用两份父亲的样本

1. 鉴定目的：亲子鉴定的目的是确认孩子与假定父亲之间的亲子关系。如果使用两份父亲的样本，将无法明确哪一份样本与孩子的亲子关系更为紧密，因此无法得出准确的鉴定结论。
2. 鉴定原理：亲子鉴定依赖于遗传物质的比对。在比对过程中，需要确保比对的是孩子与假定父亲之间的遗传物质。如果使用两份父亲的样本，就会破坏这一比对的基础，导致鉴定结果不准确。

三. 正确的亲子鉴定方式

• 应该提供孩子的一份样本和假定父亲的一份样本进行比对。
• 如果可能的话，还可以提供母亲的一份样本作为参考，以提高鉴定的准确性。

综上所述，亲子鉴定不能同时使用两份父亲的样本，因为这会导致鉴定结果不准确。正确的做法是使用孩子的一份样本和假定父亲的一份样本进行比对，如有需要，还可以提供母亲的样本作为参考。如有进一步需要，您可以继续咨询我。