员工多次迟到，单位在符合一定条件下可以扣工资，但扣款需合理且符合法律法规。

一. 合法规章制度是扣款基础

1. 规章制度的制定：用人单位的规章制度必须内容合法、程序合法。即需经过职工讨论（或工会、职工代表协商）等民主程序制定，并向员工公示或告知。若规章制度未经此程序，则用人单位无权以迟到为由扣工资。
2. 扣款标准的明确：规章制度中应明确规定迟到扣工资的具体要求及标准，如扣款的金额、方式等，确保扣款行为的透明性和公正性。

二. 扣款金额与合理性

1. 扣款上限：根据《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条，用人单位扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
2. 经济损失的考量：原则上，若员工的迟到行为并未给用人单位造成经济损失，用人单位不应随意扣款。只有在职员因迟到等原因给用人单位造成实际经济损失时，用人单位才有权按照劳动合同的约定要求其赔偿，并从工资中扣除，但仍需遵循扣款金额合理的原则。

三. 实际操作建议

1. 对于用人单位：应确保规章制度的合法性、有效性和公开性，避免随意扣款导致劳动纠纷。在扣款前，应充分考虑扣款行为的合理性和必要性，并确保符合法律法规和劳动合同的规定。
2. 对于员工：应了解并遵守用人单位的规章制度，如因特殊情况迟到，应及时与用人单位沟通并提供相应证明。如对扣款行为有异议，可与用人单位协商，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以维护自身权益。

我建议：用人单位在制定和执行关于迟到的扣款规定时，应确保规定的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。同时，员工也应遵守用人单位的规章制度，维护良好的工作秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。