非法运营三轮车的处罚措施包括扣留车辆、罚款、没收违法所得，并可能追究刑事责任。具体处罚情况如下：

一. 扣留车辆并处罚款

1. 首次查获：三轮车首次因非法营运被查获时，执法部门会扣留车辆并处以不低于500元的罚款，具体金额根据地区政策有所调整。
2. 再次查获：若三轮车再次因非法营运被查获，除了扣留车辆外，还会加重罚款，并可能对驾驶员进行记分处罚，如再处罚款500元并记12分。

二. 没收违法所得并处罚款

1. 对于有违法所得的非法营运行为，交通运输主管部门会责令停止经营，并没收违法所得。同时，根据违法所得的金额处以罚款，罚款金额为违法所得的2倍以上10倍以下。
2. 若没有违法所得或违法所得不足一定金额（如2万元），则直接处以3万元以上10万元以下的罚款，具体金额由县级以上道路运输管理机构根据实际情况裁定。

三. 刑事责任 如果非法营运行为情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营扰乱市场秩序，情节严重的，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

四. 其他可能的处罚

1. 在非法营运情节严重的情况下，相关部门有权暂扣或吊销三轮车驾驶员的驾驶证。
2. 如果三轮车非法营运行为达到了较为严重的程度，执法部门有权没收非法营运的三轮车。
3. 如果驾驶三轮车非法营运的同时，还存在其他交通违法行为，公安交通管理部门将根据具体的违法行为进行额外处罚。

我建议三轮车驾驶员严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动，以免面临严重的法律后果。同时，乘客也应选择合法合规的交通工具出行，以保障自身权益和安全。如有进一步需要，您可以继续咨询我。