对于非法制造爆炸物案件的存疑判决，法院应遵循“疑罪从无”的原则，在证据不足、不能认定被告人有罪的，应作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。以下是对此问题的详细分析：

一. 存疑判决的法律依据

1. 刑事诉讼法第二百条：在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

二. 存疑判决的具体应用

1. 证据审查：在非法制造爆炸物案件中，法院应严格审查证据，包括物证、书证、证人证言、鉴定意见等，确保证据的真实性、合法性和关联性。若证据存在瑕疵或无法形成完整的证据链，则不能认定被告人有罪。
2. 疑罪从无原则：当案件存在合理怀疑，无法确定被告人是否实施了非法制造爆炸物的行为时，法院应遵循“疑罪从无”的原则，作出无罪判决。这是保护被告人合法权益、防止冤假错案的重要原则。
3. 无罪判决的作出：在证据不足、指控的犯罪不能成立的情况下，法院应依法作出无罪判决，并说明理由。无罪判决的作出，意味着被告人不承担刑事责任，其名誉和权益得到恢复。

三. 实例说明

• 例如，在某非法制造爆炸物案件中，检察机关指控被告人非法制造了爆炸物。但在庭审过程中，辩护律师提出证据存在瑕疵，无法证明被告人实施了非法制造行为。经过法院严格审查证据，认为确实存在合理怀疑，无法确定被告人有罪。最终，法院依据“疑罪从无”的原则，作出了无罪判决。

综上所述，在非法制造爆炸物案件中，若证据不足、不能认定被告人有罪，法院应依法作出存疑的无罪判决。这是保护被告人合法权益、维护司法公正的重要体现。如有进一步需要，您可以继续咨询我。