在证据不全的情况下，若原告仍坚持起诉，被告应综合运用庭审前准备、庭审中抗辩及庭审后跟进等多方面策略来有效应对。以下是对此情况的详细分析：

一. 庭审前准备

1. 仔细研究原告证据：被告应深入分析原告提交的所有证据，找出其中的漏洞、矛盾点或证明力薄弱之处，特别关注证据的真实性、合法性和关联性。例如，如果原告提交的某份文件字迹模糊，被告可以质疑其真实性。
2. 准备反驳证据：积极搜集能够反驳原告主张的证据，包括书证、物证、证人证言等，并确保这些证据符合“三性”要求，即真实性、关联性和合法性，以增强其法律效力。
3. 梳理答辩思路：基于对原告证据的分析和自身反驳证据的准备，被告应制定清晰的答辩策略，明确核心观点，并准备针对原告指控的有力反驳。

二. 庭审中抗辩

1. 质证环节充分发表意见：在质证阶段，被告应对原告提交的每一份证据进行细致质疑，从真实性、合法性、关联性三个方面展开，运用专业法律知识指出证据存在的瑕疵，削弱其证明力。
2. 强调证据不足的法律后果：被告应向法庭强调“谁主张，谁举证”的原则，指出原告证据不足以支持其诉讼请求，并请求法庭根据法律规定，由原告承担举证不能的不利后果，驳回其全部或部分诉讼请求。
3. 清晰陈述己方观点和事实：被告应结合己方准备的证据，有条理地向法庭陈述案件事实及己方观点，运用逻辑清晰的语言展示一个与原告主张截然不同的事实场景。

三. 庭审后跟进

1. 关注后续证据提交情况：庭审结束后，被告应密切关注原告是否补充新证据及其情况，并对新证据及时进行分析和应对，必要时申请再次开庭质证或提交反驳意见。
2. 配合法庭后续工作：被告应按法庭要求及时提供相关材料或信息，协助法庭完成案件审理，并对法庭的进一步说明要求或证据详细情况要求积极配合并提供。
3. 留意法庭裁决与后续准备：被告应密切留意法庭裁决结果，并根据结果制定相应的后续措施。若判决有利，做好执行判决的准备；若判决不利，考虑上诉等救济途径。

综上所述，在证据不全的情况下，被告应充分利用法律赋予的权利和机会，通过全面、细致的准备工作和有力的庭审抗辩策略来维护自身合法权益。同时，保持对法庭裁决结果的密切关注和灵活应对能力也是至关重要的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。