同父异母的小孩跟叔叔做亲子鉴定的成功率是99.99%。不过需要注意的是，这种鉴定实际上属于亲缘鉴定范畴，而非传统意义上的亲子鉴定。以下是对此问题的详细分析：

一. 亲子鉴定与亲缘鉴定的区别

1. 亲子鉴定：通常指的是父母与孩子之间的血缘关系鉴定，其准确率极高，一般可以达到99.99%以上。
2. 亲缘鉴定：则更广泛，包括兄弟姐妹、叔侄、祖孙等之间的血缘关系鉴定。对于同父异母的小孩与叔叔之间的鉴定，实际上属于半同胞关系鉴定。

二. 同父异母小孩与叔叔的亲缘鉴定成功率

1. 科学原理：亲缘鉴定是通过比对被鉴定双方的DNA序列，来分析是否存在血缘关系。对于同父异母的小孩与叔叔来说，他们共享同一父系的Y染色体（如果都是男性），因此可以通过Y染色体鉴定来判断是否存在同一父系来源。
2. 成功率：根据遗传学定律和DNA鉴定技术的准确性，同父异母的小孩与叔叔之间的亲缘鉴定成功率同样可以达到99.99%。这是因为DNA在遗传学上具有高度的稳定性，可以作为独特的身份指纹进行比对和分析。

三. 实际操作与注意事项

1. 样本采集：通常采集口腔黏膜细胞或血液细胞作为鉴定样本。采集方法相对简单且无创。
2. 鉴定机构：应选择具备法医物证鉴定资质的司法机构或司法鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和法律效力。
3. 结果解读：鉴定结果将明确显示被鉴定双方是否存在血缘关系。需要注意的是，即使鉴定结果支持存在血缘关系，也需要结合其他证据来综合判断具体的亲缘关系类型（如叔侄关系）。

我的观点是，同父异母的小孩跟叔叔做亲子鉴定的成功率高达99.99%，但应明确这实际上是一种亲缘鉴定。在进行此类鉴定时，务必选择正规、专业的鉴定机构，并遵循相关法律法规进行操作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。