纪委凭双方笔录认定的男女关系申诉是否会撤销，取决于笔录的真实性、合法性以及是否有其他证据支持该认定。以下是对此问题的详细分析：

一. 笔录的性质与作用

1. 笔录是证据的一种：在纪委的调查过程中，双方笔录通常作为认定案件事实的重要依据。笔录记录了当事人、证人或其他相关人员的陈述，对于还原案件事实具有重要作用。
2. 笔录需真实、合法：笔录的真实性、合法性是认定其证明力的关键。如果笔录存在伪造、篡改或非法取得等情况，其证明力将受到质疑。

二. 申诉撤销的条件

1. 证据不足或证据存疑：如果纪委仅凭双方笔录认定男女关系，而笔录的真实性、合法性存在疑问，或者没有其他证据支持该认定，那么申诉有可能被撤销。
2. 新证据的出现：如果在申诉过程中，出现了新的证据，且这些证据能够证明原认定存在错误，那么申诉也有可能被撤销。

三. 申诉流程与注意事项

1. 提交申诉材料：申诉人需要向纪委提交详细的申诉材料，包括申诉理由、相关证据等。
2. 纪委审查：纪委将对申诉材料进行审查，包括笔录的真实性、合法性以及是否有其他证据支持原认定。
3. 决定是否撤销：根据审查结果，纪委将决定是否撤销原认定。如果决定撤销，将通知申诉人及相关部门；如果决定不撤销，将说明理由。

四. 实例说明

• 例如，如果纪委仅凭双方笔录认定某男女存在不正当关系，但笔录中存在多处矛盾点，且没有其他证据支持该认定。在这种情况下，申诉人提交申诉材料并指出笔录中的问题，纪委经审查后认为笔录确实存在疑问，且没有其他证据支持原认定，因此决定撤销该认定。

我的观点：纪委凭双方笔录认定的男女关系申诉是否会撤销，关键在于笔录的真实性、合法性以及是否有其他证据支持。如果笔录存在问题或缺乏其他证据支持，申诉有可能被撤销。因此，在申诉过程中，申诉人应重点关注笔录的质证以及新证据的提交。如有进一步需要，您可以继续咨询我。