以由代表行贿医院院长，如果行贿数额较大，会判刑。具体分析如下：

一. 行贿罪的判定

1. 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第一百六十四条，为谋取不正当利益，给予公司、企业或者其他单位的工作人员以财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
2. 应用到具体情境：在此问题中，由代表（即医药代表）为了谋取不正当利益（如获取医院采购合同、提高药品销量等），向医院院长行贿，如果行贿数额较大，则构成行贿罪，应依法判刑。

二. 行贿罪的处罚

1. 处罚原则：行贿罪的处罚根据行贿数额的大小以及情节的严重程度来决定。数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
2. 特殊情况：如果行贿人在被追诉前主动交待行贿行为的，可以减轻处罚或者免除处罚。但这一情节并不影响行贿罪的成立，只是作为量刑时的一个考虑因素。

三. 对医院院长的处理

1. 受贿罪：同时，医院院长如果接受了由代表的行贿，也构成受贿罪，应依法追究其刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第三百八十五条和第三百八十六条，受贿罪的处罚也是根据受贿所得数额及情节来决定的。
2. 数罪并罚：如果医院院长同时还有其他犯罪行为（如滥用职权罪），则应根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，实行数罪并罚。

综上所述，由代表行贿医院院长，如果行贿数额较大，会构成行贿罪并依法判刑。同时，医院院长如果接受了行贿，也构成受贿罪，应依法追究其刑事责任。我建议行贿和受贿双方都应充分认识到行为的违法性和严重性，自觉遵守法律法规，避免走上违法犯罪的道路。如有进一步需要，您可以继续咨询我。