员工旷工一天扣3天工资通常不合法。下面我从法律角度为您详细解释：

法律分析

1. 法律依据：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。员工旷工一天，公司可以不支付当天的工资，但扣除3天工资显然超出了这一法律规定，涉嫌克扣工资。

2. 规章制度：虽然用人单位有权制定劳动规章制度对员工进行管理，但该制度不得违反法律法规的强制性规定。若用人单位规章制度规定旷工一天扣3天工资，该规定需符合法定程序，即要经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。若未经此程序，该规定对劳动者不产生法律效力。

3. 经济损失赔偿：如果因员工旷工给用人单位造成实际经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

结论与建议

综上所述，员工旷工一天扣3天工资通常不合法，因为这侵犯了劳动者的报酬权。如果用人单位有此类规定，建议劳动者与用人单位进行沟通，协商合理的处罚措施。如果沟通无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。如果您在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。