当电瓶车与电瓶车发生碰撞，且一方被判定为次要责任时，赔付流程通常遵循以下步骤和原则：
一、责任划分与赔偿比例
责任划分：在电瓶车碰撞事故中，责任通常根据事故发生的具体情况来划分，如双方的行驶路线、是否遵守交通信号等。若一方被判定为次要责任，则另一方通常被视为主要责任方。
赔偿比例：一般来说，主要责任方承担大部分赔偿责任，如70%或80%，而次要责任方则承担剩余部分，如30%或20%。具体比例可能因事故具体情况和当地法律法规而有所不同。
二、赔偿范围
赔偿范围广泛，包括但不限于：
医疗费：以实际发生的合理费用为准，包括治疗费、药费、住院费等。
误工费：根据误工时间和收入状况确定，若因事故导致无法工作，则责任方需赔偿相应的误工费。
护理费：若受伤者需要护理，则护理费按护理期限和护理人员的收入计算。
其他费用：如交通费、营养费、伙食补助费等，根据实际需要和医嘱酌定。
财产损失：双方还需按照责任比例分担因事故造成的车辆维修等直接财产损失。
三、赔付流程
协商：首先，双方应尝试通过协商解决赔偿事宜。能达成一致的，可签订书面协议，明确责任划分及赔偿方式等内容。
交强险赔付：若双方无法协商一致，且事故涉及交强险，则应先由交强险在其责任限额内进行赔付。
按比例分担剩余损失：交强险赔付后，若仍有剩余损失，则由双方按照各自的责任比例进行分担。
法律途径：若双方无法就赔偿金额达成一致，受损方可以收集相关证据，如事故责任认定书、医疗费用清单、误工证明等，向法院提起民事诉讼，通过法律途径要求对方按照责任比例进行赔偿。
四、注意事项
保留证据：事故发生后，应尽可能保留现场照片、视频、证人证言等证据，以便后续协商或诉讼时使用。
及时报警：若事故较为严重或双方无法协商一致，应及时报警处理，以便交警部门进行现场勘查和责任认定。
了解法律法规：在处理事故和赔偿事宜时，应了解并遵守当地的法律法规和交通规则，以确保自身权益得到保障。
综上所述，当电瓶车与电瓶车发生碰撞且一方被判定为次要责任时，应首先尝试通过协商解决赔偿事宜。若无法协商一致，则可按照交强险赔付、按比例分担剩余损失的顺序进行处理。若仍无法解决问题，则可通过法律途径寻求公正判决。