在摩托车与电动自行车发生事故，且摩托车负主要责任、电动自行车负次要责任的情况下，理赔流程通常遵循以下步骤和原则：
一、责任比例划分
根据通常的实践，当摩托车负主要责任，电动自行车负次要责任时，赔偿比例一般按照摩托车承担70%，电动自行车承担30%来划分。这一比例是基于双方的过错程度来确定的，并体现在具体的赔偿金额上。
二、赔偿项目
赔偿项目涵盖了因事故导致的各种直接经济损失，包括但不限于：
- 医疗费：根据实际产生的费用进行赔偿，但需要扣除医保已报销的部分。
- 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况来确定。误工时间依据医院出具的证明，收入状况则参考受害人最近三年的平均收入，若无法提供，则参照受诉法院所在地相同或相近行业上一年度职工的平均工资。
- 护理费：护理人员有收入的，按误工费的规定计算；无收入或雇佣护工的，则参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
- 交通费：以实际发生的费用为准，并需要提供相关票据。
- 住院伙食补助费：可参照当地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准来确定。
三、理赔流程
- 协商：首先，双方应尝试通过协商来解决赔偿问题。协商是一种便捷且成本较低的解决方式，有助于避免矛盾激化。
- 调解：如果协商不成，可以寻求交通管理部门或相关组织的调解。调解提供了一个中间平台，有助于促进双方达成和解。
- 诉讼：如果协商和调解都无法解决问题，那么就需要通过诉讼来向法院提起。法院将依据法律和事实进行判决，确定最终的赔偿金额和责任划分。
四、法律依据
摩托车主责、电动自行车次责的赔付法律依据主要来自于《道路交通安全法》及《民法典》的相关规定。具体来说：
- 《道路交通安全法》第七十六条规定了机动车之间发生交通事故时的责任划分原则。
- 《民法典》第一千二百一十三条则明确了机动车发生交通事故造成损害时的赔偿顺序和原则。
在这些法律框架下，摩托车主需按照责任比例对电动自行车的合理损失进行赔偿。如果摩托车购买了交强险或商业三者险，部分赔偿可以由保险公司按照保险合同的约定来承担。
综上所述，摩托车与电动自行车发生事故时，理赔流程涉及责任比例划分、赔偿项目确定、理赔流程选择以及法律依据的遵循。双方应依据事实和法律进行协商、调解或诉讼，以确保赔偿问题的合理解决。