货运分公司能作为处罚主体，但具体需根据法律法规和违法情形判定。

1. 分公司具有相对独立经营活动：

   • 分公司虽没有独立法人资格，但它在经营活动中具有一定的独立性。当分公司实施了违反行政管理秩序的行为，且相关法律法规明确规定可对分公司进行处罚时，分公司便可能成为处罚的对象。

2. 法律、法规的明确规定：

   • 若法律、法规或规章中明确将分公司列为可处罚的对象，或者在某些特定情况下（如分公司有独立的营业执照和经营场所，且能够独立进行经营活动），地方性法规或规章可能将其视为独立的行政处罚对象，那么分公司就可以作为处罚主体。

3. 实际案例：

   • 以工商登记管理为例，如果分公司在工商登记时存在虚假登记等违法行为，工商部门有权依法对分公司进行处罚，而无需通过总公司。这在实际操作中已经得到了验证。

4. 责任承担：

   • 需要注意的是，虽然分公司可以作为处罚对象，但当其财产不足以承担责任时，总公司可能需要承担补充责任。这体现了分公司与总公司之间的法律联系和责任分担。

综上所述，货运分公司能否作为处罚主体，需根据具体的法律法规、违法情形以及分公司的实际情况来判定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。