欠帐100万双方协商50万进行偿还，只要双方自愿且不违反法律法规，就是合法的。针对此问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 债务协商的合法性：

   • 债务人和债权人之间有权就债务的偿还进行协商，这是双方意思自治的体现。
   • 只要协商过程不违反法律法规，如不存在欺诈、胁迫等违法情形，协商结果就是合法的。

2. 债务减免的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债务人可以与债权人协商减免部分债务。
   • 在本案例中，双方协商将100万的债务减免为50万，只要这是双方真实的意思表示，就是合法的。

3. 协商结果的履行：

   • 协商达成后，双方应按照协商结果履行各自的义务。
   • 如果债务人按照协商结果偿还了50万，债权人就不能再要求债务人偿还剩余的50万。

4. 可能涉及的法律风险：

   • 如果协商过程中存在欺诈、胁迫等违法情形，协商结果可能被视为无效。
   • 如果债务人未按照协商结果履行义务，债权人仍有权要求债务人偿还全部债务或采取其他法律措施。

综上所述，欠帐100万双方协商50万进行偿还，只要双方自愿、协商过程合法，且不存在违反法律法规的情形，就是合法的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。